蕨類植物的種類比較復(fù)雜，具有許多不同的性狀，在蕨類植物分類鑒定中，常依據(jù)下列一些主要特征：

(1)莖、葉的外部形態(tài)及內(nèi)部構(gòu)造；

(2)孢子囊壁細胞層數(shù)及孢子形狀；

(3)孢子囊的環(huán)帶有無及其位置；

(4)孢子囊群的形狀、生長部位及有無囊群蓋；

(5)葉柄中維管束排列形式，葉柄基部有無關(guān)節(jié)；

(6)根狀莖上有無毛、鱗片等附屬器官及形狀。

對于蕨類植物的分類系統(tǒng)，由于植物學(xué)家意見不一致，過去常把蕨類植物作為一個門，其下5個綱，即松葉蕨綱、石松綱、水韭綱、木賊綱(楔葉綱)、真蕨綱。前四綱都是小葉型蕨類植物，是一些較原始而古老的蕨類植物，現(xiàn)存在較少。真蕨綱是大型葉蕨類，是最進化的蕨類植物，也是現(xiàn)代極其繁茂的蕨類植物。我國的蕨類植物學(xué)家秦仁昌將蕨類植物分成5個亞門，即將上述5個綱均提升為亞門。

亞門檢索表

1．植物體無真根，僅具假根，2~3個孢子囊形成聚囊 松葉蕨亞門(Psilophytina)

1．植物體均具真根，不形成聚囊，孢子囊單生，或聚集孢子囊群。

2．植物體具明顯的節(jié)和節(jié)間，葉退化成鱗片狀，不能進行光合作用，孢子具彈絲楔葉亞門(Sphenophytina)

2．植物體非如上狀，葉綠色，小型葉或大型葉，可進行光合作用，孢子均不具彈絲。

3．小型葉，幼葉無拳曲現(xiàn)象。

3．大型葉，幼葉有拳曲現(xiàn)象，孢子囊在孢子葉的背面或邊緣聚集成孢子囊群。真蕨亞門(Filicophytina)

4．莖多為二叉分枝，葉小形、鱗片狀，孢子葉在枝頂端聚集成孢子葉穗，孢子同型或異型，精子具2條鞭毛 石松亞門(Lycophytina)

4．莖粗壯似塊莖，葉長條形似韭菜葉，不形成孢子葉穗，孢子異型，精子具多鞭毛水韭亞門(Isoephytina)