清軍機處還設有專門的檔案房，有專職的保密人員管理這些檔案，由此而使軍機處的保密工作做得非常之好，同時，為后代留下了許多難得的珍貴史料。在軍機處值廬，還有專派的御史往復稽查，不準任何人窺探。如有地方督撫官員通過各種方式向軍機章京刺探情況，必嚴加處理。

軍機處唯一的一次尾大不掉，是在和珅擔任領班時期。和珅掌權后，身兼軍機大臣和御前大臣，打破了制衡的框架，要求“凡有奏折令具副本關會軍機處”。如此以來，在制度設計上，就令軍機處的地位大大提高，不僅參與決策，還實際掌控了信息渠道，皇帝被操縱的風險大大增加。

三、清朝軍機處被廢除

嘉慶帝在翦除和珅后，立即廢除此條。此外，嘉慶帝還多次刻意地挫壓朝臣中尊崇軍機處的風氣，并否決了一位官員提出的在奏折內(nèi)將軍機處抬寫以示尊重的建議。嘉慶帝對于軍機處的一連串打壓，主要是基于對和珅專權的撥亂反正，他本人對于軍機處的作用并不否定。

慈禧太后大權獨攬，軍機處和軍機大臣的權力被削弱。“甲申易樞”后，慈禧太后的權勢進一步擴大，軍機處也變?yōu)榇褥蠼y(tǒng)治的工具。宣統(tǒng)三年(1911年)五月八日，清政府在立憲派國會請愿運動的壓力下，實行所謂“責任內(nèi)閣制”。下令裁撤舊設內(nèi)閣及軍機處，自此實行了180余年的軍機處被廢除。