1999年，杭錦旗林業(yè)局委托內蒙古自治區(qū)林業(yè)勘察設計院對保護區(qū)進行了全面考察，并在此基礎上編制了保護區(qū)總體規(guī)劃，同年12月，該規(guī)劃通過了由內蒙古環(huán)保局組織的評審，并正式上報自治區(qū)人民政府。2000年，經(jīng)內蒙古自治區(qū)人民政府批準建立“內蒙古白音恩格爾自治區(qū)級自然保護區(qū)”。2007年被自治區(qū)列為“十一五”期間晉升國家級自然保護區(qū)的重點保護區(qū)。

二、自然資源概況

1、野生植物資源

（1）植物科屬組成

植物的種類組成是構成植被的主體，在保護區(qū)的植物區(qū)系組成中，以種子植物為主。據(jù)不完全統(tǒng)計，保護區(qū)內有種子植物326種，隸屬50科173屬，其中，被子植物324種，隸屬49科172屬，分別占保護區(qū)植物科、屬、種數(shù)的98.0{bf}、99.4{bf}、99.4{bf}；裸子植物2種，隸屬1科1屬，分別占科、屬、種數(shù)的2.0{bf}、0.6{bf}、0.6{bf}。

（2）植被類型

保護區(qū)植物區(qū)系處于亞洲荒漠植物區(qū)——阿拉善荒漠植物省——東阿拉善荒漠州，是處于草原化荒漠地區(qū)。主要的地帶性植被為耐干旱的草原和荒漠植被型。根據(jù)植被分類系統(tǒng)和各級分類單位的劃分標準，將保護區(qū)植被劃分為1個植被型（荒漠植被），2個植被亞型（灌木荒漠，半灌木、小半灌木荒漠），4個群系組（典型的灌木荒漠，草原化灌木荒漠，鹽柴類半灌木、小半灌木荒漠，蒿類荒漠）9個群系（霸王荒漠、白刺荒漠、沙冬青荒漠、綿刺荒漠、四合木荒漠、狹葉錦雞兒荒漠、珍珠柴荒漠、紅砂荒漠、油蒿荒漠）。

（3）保護植物

根據(jù)《國家重點保護植物名錄》（1984年7月國務院環(huán)境保護委員會批準公布）和《國家重點保護野生植物名錄（第一批）》（國家林業(yè)局、農(nóng)業(yè)部，1999），保護區(qū)有國家級珍稀瀕危保護植物6種。保護區(qū)內特有種、古老殘遺種及其它瀕危植物共約58種，占保護區(qū)植物種的17.8{bf}，其中，四合木、半日花、綿刺、沙冬青等植物的珍稀瀕危程度尤為突出。保護區(qū)有內蒙古自治區(qū)保護區(qū)植物7種，其中，自治區(qū)Ⅱ級保護植物1種，自治區(qū)Ⅲ級保護區(qū)植物6種。被列入《中國生物多樣性保護行動計劃》中植物優(yōu)先保護名錄的有：半日花、革苞菊、沙冬青、綿刺、四合木等5種。

（4）經(jīng)濟植物資源

保護區(qū)蘊藏著豐富的植物資源，這些植物資源既是可持續(xù)利用的基礎，為人們提供衣、食、住、行等生存必需品的原料，又是重要的種質資源與遺傳基因庫。

根據(jù)調查，保護區(qū)內的植物資源，按其經(jīng)濟用途，可劃分為6大類，即藥用植物資源、纖維、飼料植物資源、食用植物資源、農(nóng)藥植物資源、觀賞植物資源、固沙植物資源。