當然了，最需要搞清楚的就是紅丸到底是什么，這也是一個引起爭議的問題。有人認為，李可灼進的“紅色丸藥”就是紅鉛丸，是普普通通的春藥。春藥屬于熱藥，皇帝陰寒大泄，以火制水，是對癥下藥。李可灼把春藥當補藥進上，只是想步陶仲文后塵而已，只不過他時運不佳……所以這才有了朱常洛死時精流不止的說法。

有人認為，那紅色丸藥是道家所煉金丹。用救命金丹來對付垂危病人，治活了則名利雙收，死了算是病重難救，李可灼很可能是這樣想這樣做的。 后來到了天啟年間，宦官魏忠賢當權(quán)，他要為“紅丸案”翻案。

于是，聲討方從哲的禮部尚書孫慎行被開除了官籍，奪去所有官階封號，定了流戍。抨擊崔文升的東林黨人也受了追罰，高攀龍投池而死。崇禎年間，懲辦了魏忠賢，又將此案翻了回來。崇禎帝死后，南明王朝又一次以此為題材挑起黨爭，直到明王朝徹底滅亡。

后人為此曾進行過一系列的考證和爭論，但最后也都沒有結(jié)果，泰昌帝的死是否與紅丸有關(guān)依然無解。三百余年來，史學(xué)家設(shè)想了種種答案，但沒有一種令人信服，因此紅丸一案成了千古之謎，隨著年代的原去，真相也只會越來越遠。