在已建成的471處自然保護區(qū)中，包含著各種不同的類型，按保護區(qū)保護對象及保護目的的不同，大致可分為如下7類。

（1）以保護完整的綜合自然生態(tài)系統(tǒng)為目的的自然保護區(qū)154處。如吉林省的長白山自然保護區(qū)，以保護溫帶山地生態(tài)系統(tǒng)及自然景觀為主；陜西省的太白山自然保護區(qū)，保護中國典型的暖溫帶生態(tài)系統(tǒng)；福建省的武夷山自然保護區(qū)，以保護亞熱帶生態(tài)系統(tǒng)為主；云南省的西雙版納自然保護區(qū)，主要保護熱帶自然生態(tài)系統(tǒng)。

（2）以保護某些珍貴動物資源為主的自然保護區(qū)72處。如黑龍江省的七星砬子自然保護區(qū)，以保護珍稀瀕危動物東北虎為主；四川省的臥龍和王朗等自然保護區(qū)，以保護珍稀動物大熊貓為主；四川省的鐵布自然保護區(qū)，保護稀有動物梅花鹿等。

（3）以保護濕地和湖泊珍禽為目的的自然保護區(qū)30處。如黑龍江省的扎龍、吉林省的向海、江蘇省的鹽城、江西省的鄱陽湖、貴州省的草海、青海省的鳥島等自然保護區(qū)，均以保護珍稀水禽丹頂鶴、天鵝、黑頸鶴等為主。

（4）以保護珍稀孑遺植物及特有植被類型為目的的自然保護區(qū)148處。如廣西的花坪自然保護區(qū)，以保護具有珍貴化石植物銀杉為主的亞熱帶常綠闊葉林為主；黑龍江省的豐林及涼水自然保護區(qū)，主要保護貴重的紅松母樹林；甘肅的昌嶺山、壽祿山等自然保護區(qū)，主要保護青海云杉；福建省的萬木林自然保護區(qū)，主要保護中亞熱帶常綠闊葉林。

（5）以保護自然景觀為主的自然保護區(qū)和國家公園26處。如四川省的九寨溝、縉云山自然保護區(qū)；黑龍江省的鏡泊湖自然保護區(qū)；江西省的廬山自然保護區(qū)及臺灣省的墾丁國家公園等。

（6）以保護特有的地質(zhì)剖面火山遺跡及特殊的地貌景觀為主的自然保護區(qū)20處，主要有黑龍江的五大連池自然保護區(qū)，以保護近期火山噴發(fā)形成的火山遺跡和自然景觀為主；臺灣省的太魯閣保護區(qū)，保護珍貴的大理石峽谷；山東省的山旺化石自然保護區(qū)，保護重要的化石產(chǎn)地；四川省的黃龍寺保護特異風光的石灰華，以及天津的薊縣地質(zhì)剖面自然保護區(qū)等。

（7）以保護沿海自然資源及自然環(huán)境為主要目的的自然保護區(qū)21處，主要有臺灣省的淡水河口保護區(qū)、關渡自然公園，廣東省的內(nèi)伶仃島―福田，廣西壯族自治區(qū)的山口，福建省的龍海以及海南省的東寨港和清瀾港等自然保護區(qū)，均為保護海涂上特有的紅樹林自然保護區(qū)。

需要指出的是，這種分類方法具有一定的相對性，主要是為了敘述上的方便。實際上，大部分自然保護區(qū)都具有多方面的屬性。例如，臥龍自然保護區(qū)雖以保護大熊貓為主，但它茂密的森林及其他珍貴動物也在保護之列，是一個完整的生態(tài)系統(tǒng)。