現(xiàn)在撒哈拉沙漠這塊地方，歷史上經歷了多次森林化，沙漠化。從公元前70世紀到39世紀這一段時期，被稱作綠色撒哈拉時期，也是距今最近的一次綠化撒哈拉階段；到了公元前三十幾世紀，干燥的氣候終于導致撒哈拉沙漠化。

目前已知的最早的類人猿發(fā)現(xiàn)在現(xiàn)在乍得境內，撒哈拉沙漠的南部。這個階段的類人猿還是需要生活在森林里面的，所以現(xiàn)在那塊已經是沙漠的地方，在八九百萬年前就是森林。實際上在人類從類人猿開始演化的幾百萬年的歷史里面，氣候經歷過多次很大的變化，所謂滄海桑田，各地環(huán)境變化是非常大的，現(xiàn)在撒哈拉沙漠這塊地方，也經歷了多次森林化，沙漠化。

冰期結束后，地球進入全新世，全球氣溫開始上升，比現(xiàn)在的氣溫要高出不少。撒哈拉沙漠地區(qū)在剛進入全新世的時候還是干燥的氣候，但是到了公元前7000年開始的大約兩千年的時間里，北非的氣候變得非常濕潤，這個地區(qū)的水體都要比現(xiàn)在大很多，比如乍得湖在最盛的時候面積達到40萬平方公里，比現(xiàn)在的里海都要大，水位也要比現(xiàn)在高出30米左右。在現(xiàn)在撒哈拉沙漠的很多地方，遍布著濕地，草原，森林，自然也有眾多的野生動物，也有很多人類定居在這里。

這個地區(qū)的氣候從公元前5000年左右開始逐漸干燥，不過一直到公元前39世紀左右，撒哈拉整體仍然是濕潤的，從公元前70世紀到39世紀這一段時期，被稱作綠色撒哈拉時期，也是距今最近的一次綠化撒哈拉階段。在這一時期，人類甚至已經在現(xiàn)在撒哈拉地區(qū)發(fā)展出了程度不低的農業(yè)文明，有可能是當時世界上最發(fā)達的農業(yè)文明。在蘇丹 發(fā)現(xiàn)的這個時期的巖畫可以體現(xiàn)出當時綠色撒哈拉的繁榮程度。

到了公元前三十幾世紀，干燥的氣候終于導致撒哈拉沙漠化。到了公元前3400年左右，撒哈拉的干燥程度已經與現(xiàn)在相當，大多數(shù)地方已經沙漠化，原來居住在撒哈拉綠地的人們已經退守到了少數(shù)的河谷地區(qū)以及零零星星的綠洲里。其中退守到尼羅河河谷的人們最終發(fā)展出了古埃及的文明，在公元前32世紀左右進入了王朝時期。這個時候撒哈拉沙漠已經很具規(guī)模了。