中統(tǒng)領導人是陳果夫、陳立夫兄弟，軍統(tǒng)領導人依次是戴笠、毛人鳳。中統(tǒng)和軍統(tǒng)的區(qū)別在于：1、工作任務不同；2、所屬機構不同；3、管轄領域不同。

工作任務不同：中統(tǒng)的工作重心是監(jiān)控國民黨機關內部情況；打擊一切國民黨之外的黨派；控制社會輿論和思想。軍統(tǒng)主要任務是收集各類情報、對軍隊監(jiān)視整治，對敵對勢力逮捕暗殺。

所屬機構不同：中統(tǒng)的是黨中央的情報機構。軍統(tǒng)的是直接屬于國民黨軍隊序列。

管轄領域不同：軍統(tǒng)主要管轄軍隊、警憲以及各地的交通部門。中統(tǒng)主要管轄的就是國民黨的黨務問題以及全國各地的行政機關以及學校的黨務問題，還有社會上的教化輿論。

中國國民黨中央執(zhí)行委員會調查統(tǒng)計局，簡稱中統(tǒng)。中統(tǒng)以各級國民黨黨部為基地，在各省市國民黨黨務內，均設有調查統(tǒng)計室，在大學院校、重點中學、文化團體內，也都建立了所謂的黨員調查網(wǎng)，從事各種特務活動。中統(tǒng)的主要任務是調查和掌握，包括共產(chǎn)黨在內的國民黨敵對勢力，從而穩(wěn)固國民黨的統(tǒng)治。

在抗戰(zhàn)之前，中統(tǒng)的勢力非常大。中統(tǒng)的實際控制人陳果夫，陳立夫兄弟，本身在國民黨內具有強大的勢力。當時有“蔣家天下陳家黨”之說，可見陳氏兄弟在國民黨內的地位。因此，國民黨的各級基層黨組織，都是中統(tǒng)的特務網(wǎng)延伸。

但是抗戰(zhàn)期間，由于大片國土淪陷，淪陷區(qū)內的國民黨基層機關基本上都被破壞，中統(tǒng)勢力大為縮水。再加上陳氏兄弟并不如戴笠一般對蔣介石唯命是從，中統(tǒng)所獲資源也漸漸不如軍統(tǒng)，因此，軍統(tǒng)勢力在成立后期逐漸大于中統(tǒng)。

軍統(tǒng)全稱為國民黨軍事委員會調查統(tǒng)計局。九一八事變后，蔣介石為了進一步加強集權，黃埔生賀衷寒、戴笠、鄭介民、康澤等人組織了一個以軍人為主體的復興社（又稱藍衣社）。1932年，在復興社內，又設了力行社，并設有一個專門進行諜報活動的特務處，戴笠任處長，這就是軍統(tǒng)的前身。

軍統(tǒng)和中統(tǒng)從來沒有和睦相處過，兩大特務組織互相仇視，甚至出現(xiàn)過殺害對方特工人員的行為?？梢?，兩大特務組織的爭斗已進入白熱化。當然，1949隨著國民黨敗退臺灣，兩大特務組織紛紛改組，蔣經(jīng)國接手國民黨情報機構，中統(tǒng)和軍統(tǒng)（保密局）也徹底煙消云散。